Fatsa Meslek Yüksekokulu, Bakanlar Kurulu’nun 17 Mart 2006 tarih ve 5467 sayılı kanunu ile kurulan Ordu Üniversitesine bağlı olarak; Ordu Valiliği Defterdarlık Milli Emlak Müdürlüğü’nden alınan 01.11.2005 gün ve 970/3810 sayılı yazısı ile Et Balık Kurumu tesisleri iken Özelleştirme Yüksek Kurulu’nun 28.02.2001 tarih ve 2001/22 sayılı kararına istinaden üniversitemize tahsis edilen taşınmazlar üzerine kurulmuş olan Fatsa Deniz Bilimleri Fakültesi Binası bünyesinde ilk olarak 2007-2008 eğitim-öğretim yılında 167 öğrencisi ile faaliyetlerine başlamıştır. Fatsa Meslek Yüksekokulu Ordu Üniversitesi bünyesinde 2547 sayılı Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 ve 7/h maddeleri ile 3843 sayılı Kanun’un 4. maddesi uyarınca öğrenci alımlarını yapmaktadır.
2007-2008 eğitim öğretim yılında Teknik Programlar Bölümü, İktisadi Ve İdari Programlar Bölümü ve Sağlık Programları Bölümü olmak üzere üç bölüm altında bulunan 4 program ile eğitim faaliyetlerine başlamıştır. 2008-2009 Eğitim Öğretim Yılında Ordu Meslek Yüksekokulu bünyesinde bulunan Gemi Makineleri Programı 05.11.2008 tarih ve 2008/78 sayılı Senato kararıyla Fatsa Meslek Yüksekokuluna geçerek okulumuz program sayısını 5’e çıkarmıştır.
Okulumuz 2009-2010 Eğitim Öğretim yılından itibaren, Fatsa yerleşkesi içerisinde bulunan, eskiden Et ve Balık Kurumu tarafından kullanılmış olan ve Üniversitemiz tarafından yenilenen binalarda eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmeye başlamıştır. Bu gün hala Uygulama Binası, A Blok ve B Blok olmak üzere toplam üç binada 18 akademik ve 10 idari personel ile çalışmalarını sürdürmektedir.
Meslek Yüksekokulumuzun 2015 yılı itibariyle 1500 öğrencisi bulunmaktadır. Fatsa Meslek Yüksekokulu her yıl öğrenci adayları tarafından tercih edilme hususunda artan bir ivmeyle eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.